La colonización del organismo comienza durante el nacimiento, por la exposición a la microbiota vaginal, encontrándose diferencias significativas en las personas que nacen a través del canal vaginal y las que nacen por cesárea.5, 7, 8
El proceso inicia en la piel del recién nacido y depende del mecanismo del nacimiento: quienes nacen por vía vaginal, adquieren las bacterias que colonizan esta cavidad, mientras que los recién nacidos por cesárea, adquieren microorganismos que se encuentran en la piel de la madre, estando determinada la composición posterior de la microbiota por las interacciones entre dichos agentes y con el organismo del huésped.
En el parto vaginal, la microbiota cutánea del neonato se asemeja a la de la vagina de la madre, con predominio de Lactobacillus spp y Prevotella spp, en contraste, si el nacimiento es por cesárea, se encontrarán comunidades bacterianas similares a las encontradas en la superficie de la piel de la madre, tales como estafilococos, Corynebacterium spp y Propionibacterium spp.
Los lactantes siguen captando nueva flora a través de sus interacciones habituales con otros seres humanos, incluida la alimentación y el juego, lo que da como resultado la aparición del microbioma en la piel, el intestino y las superficies mucosas, encontrándose diferencias asociadas a factores genéticos, edad, sexo, estilo de vida, características del entorno, presencia de enfermedades locales o sistémicas, aplicación o administración de sustancias químicas y uso de medicamentos, entre otros.8
La microbiota alcanza su máxima diversidad en la adolescencia, permaneciendo estable hasta las últimas etapas de la vida, cuando comparativamente, pasa a tener menor diversidad y estabilidad, lo que predispone a las personas de edad avanzada a enfermedades asociadas a disbiosis.8
Figura. Microbiota a lo largo del ciclo vital. Fuente: https://www.gutmicrobiotaforhealth.com
Aunque la mayor parte de la literatura científica hace referencia a la microbiota intestinal, es importante recordar que la colonización del organismo por microorganismos comensales se da en diversas regiones, órganos y sistemas, incluyendo la cavidad oral, el estómago, el intestino delgado y grueso, el tracto respiratorio, la piel y el sistema genitourinario.
También es importante mencionar la relación de la microbiota con el desarrollo neurológico, el cerebro y el comportamiento, que parece desempeñar un papel determinante en el establecimiento de mecanismos de señalización que afectan a circuitos neuronales relacionados con la actividad motora, la ansiedad y otras funciones cerebrales.
De hecho, en los últimos años, se ha ido acumulando evidencia de la existencia de un eje microbiota – intestino – cerebro (Figura 1), considerado un sistema bidireccional, que en una vía contempla la acción del sistema nervioso central sobre la microbiota intestinal mediante cambios en la secreción, motilidad y/o permeabilidad intestinal o por vía neuronal mediante la liberación de sustancias por parte de las células enterocromafines y células inmunes.8
En la otra vía, la microbiota intestinal se comunica con el cerebro mediante la estimulación directa de ciertos receptores a través de aferentes vagales o de una vía humoral recientemente descrita, fenómenos que pueden alterar la morfología y la neuroquímica cerebrales, en concreto, los niveles de GABA y serotonina, con implicaciones en la percepción del dolor visceral y en la modulación de la respuesta inmune y las emociones.8
Figura 2. Eje microbiota – intestino – cerebro
En cualquier caso, vale la pena recordar que cerca del 90% de la microbiota reside en el colon, órgano que alberga unos 38 billones de bacterias en una persona promedio, de 20 a 30 años de edad, lo que representa uno a dos kilos de bacterias, de 500 a 1.000 especies diferentes, principalmente Firmicutes, Bacteroidetes (que representan cerca del 90% de la microbiota intestinal), y en menor medida, Actinobacterias.7, 8
Los más representativos del primer grupo son Lactobacillus y Clostridium, los del segundo grupo Bacteroides y Prevotella y los del tercero, Bifidobacterium. En el año 2011, se estableció una clasificación de los enterotipos (agrupaciones de la microbiota intestinal de acuerdo a estados de equilibrio) en tres grupos que se diferencian por la variación en cada uno de los géneros predominantes: Bacteroides (enterotipo tipo 1), Prevotella (enterotipo tipo 2) y Ruminococcus (enterotipo tipo 3).8

Diferencias en la composición de la microbiota por sitios anatómicos. Fuente: Cho y Blaser. The human microbiome: At the interface of health and disease. 2012